南大港湿地海拔最高处5.4米，最低处2.9米，分为泻湖洼地、浅槽型洼地、岗地和高平地等，90%的植被为芦苇。环港林木10米宽、30公里长，计6万多株。

国家二级保护鸟类24种，包括白天鹅、灰鹤、白枕鹤等；其它野生鸟类219种；有几十种鱼类以及多种藻类和浮游生物；并有狐、獾、黄鼬、草兔、鼹鼠、蛇、蛙等几十种陆生动物也在此繁衍生息。